Formateur Séquençage pour Réalisation Études D'efficacité Thérapeutique Paludisme

Description de la mission

Objectif général de la mission

Le pays est en capacité de réaliser une étude d’efficacité thérapeutique des traitements anti paludique telle que recommandée par l’OMS (WHO Guidelines for malaria, 2 June 2022)

Objectif(s) spécifique(s)

Objectif Spécifique 1 : Développer des protocoles de séquençage de Plasmodium falciparum adaptés à l’étude de surveillance d’efficacité thérapeutique des traitements anti paludiques.

Objectif Spécifique 2 : Former les équipes du laboratoire Peltier, Laboratoire National de Référence, à la réalisation du volet de séquençage de l’étude

Objectif Spécifique 3 : Former les équipes à la lecture bio-informatique des séquences obtenues

Résultats attendus

Résultat 1 : L’équipe de 5 techniciens du laboratoire Peltier est formée au séquençage de P. falciparum sur l’équipement ILLUMINA MiSeq.

Résultat 2 : L’équipe dispose de toutes les informations (protocole, références des réactifs,..) nécessaires à la conduite d’une étude d’efficacité thérapeutique en toute autonomie.

Résultat 3 : Les personnes formées sont en mesure de former à leur tour d’autres techniciens.

Grandes Etapes et Activités de la mission

Les grandes étapes et activités de la mission seront déterminées conjointement par l’expert sélectionné, le bénéficiaire de l’appui et Expertise France.

Renforcement de capacités du/des bénéficiaires de la mission : en vue de la pérennisation des résultats de la mission et de l’appropriation des livrables par le.s bénéficiaire.s, le.s expert.e.s devront porter une attention particulière au renforcement de capacités tout au long de la mission. Les temps de formation et d’élaboration conjointe des livrables avec une autonomisation progressive du bénéficiaire sont encouragés. Le.s expert.e.s devront proposer une approche méthodologique dans leur offre technique qui sera discuté.e et validé.e avec Expertise France et le bénéficiaire de la mission.

LIVRABLES

1.Protocole de séquençage de falciparum dans le cadre de la mesure de l’efficacité thérapeutique des traitements anti-paludiques.

2.Matériel de formation au protocole de séquençage à l’intention des techniciens, dans une perspective de formation en cascade.

3.Un compte rendu (maximum de 20 pages et suivant le modèle fourni) devra être remis par email à Expertise France après chaque visite terrain ou grandes étapes de la mission dans un délai de 10 jours. Ce compte-rendu, rédigé en français, sera diffusé à l’ensemble des partenaires de la mission après validation d’Expertise France.

Description du projet ou contexte

Cette demande s’inscrit dans le continuum du cadre de la subvention financée par le Fonds Mondial et vise à contribuer au renforcement des réponses nationales contre les épidémies de paludisme. Ses objectifs sont en accord complet et en lien avec ceux des cadres stratégiques nationaux de lutte contre les trois maladies et ceux du Fond Mondial qui a octroyé 10 856 224 USD au titre de la demande Multi-maladies dénommée GRANT Z- DJI additionné d’un Montant de 2.7 Millions d’USD pour la demande C19RM 2021 de riposte à la COVID19.

La République de Djibouti est un pays désertique au climat chaud et aride. La température moyenne annuelle varie entre 23 ° C en janvier et 39 ° C en août. Les précipitations sont faibles et irrégulières, avec une précipitation annuelle moyenne de 136 mm. Si ces conditions climatiques (faibles précipitations et températures très élevées) sont défavorables à la croissance du moustique Anophèles, vecteur du parasite responsable du paludisme, Djibouti connaît une recrudescence des cas de paludisme depuis 2013. Bien que Djibouti venait d'atteindre un pré-niveau d’élimination en 2012 avec seulement 24 cas de paludisme confirmés (<1 cas pour 1000 habitants), ce chiffre atteint 1674 en 2013, 13 804 en 2016, 25 319 en 2018 et 49 402 en 2019.

Par ailleurs, 98% des cas de paludisme déclarés sont déclarés à Djibouti City, dont 90% sont concentrés dans trois sous-zones (localités) du district de Boulaos. Par ailleurs, le pays a connu une tendance à l’augmentation de la proportion du Plasmodium falciparum, qui contribue à 73% des cas de paludisme observés en 2019 contre 69% en 2017. Selon le rapport du MPR (revue à mi-parcours) du programme national de lutte contre paludisme en 2019, divers facteurs ont contribué à la résurgence des cas de paludisme, à savoir 1. Réduction du financement entre 2009 et 2015, seuls le gouvernement et l'OMS assurant le traitement; 2.intervention préventive limitée pour la période 2017-2019; 3. les mouvements de population à travers les frontières; 4. Apparition d'Anophèles stephensi, vecteur associé à l'épidémie de paludisme en milieu urbain; 5. La détection récente de la suppression de HRP2 qui a conduit à un diagnostic erroné de 50% des cas en moyenne. En outre, le programme actuel vise à renforcer la phase de lutte contre le paludisme pour atteindre une réduction de 50% d'ici 2024. Il augmentera l'accès au dépistage et au traitement du paludisme dans tout le pays, et mettra en oeuvre des pulvérisations intra domiciliaires dans les zones les plus touchées du district de Boulaos. Le programme renforcera également la surveillance épidémiologique, avec une détection active des cas et une réponse d'urgence aux épidémies. Il comprendra également des interventions de surveillance entomologique pour surveiller la résistance aux insecticides.

Dans le cadre de son plan stratégique national, le PNLP s’est fixé comme objectif principal : réduire la morbidité du paludisme de 50% d'ici 2024, par rapport aux données de 2019, dans le but d'atteindre zéro cas autochtone d'ici la fin de 2030.

Pour y parvenir, le programme a identifié plusieurs axes stratégiques tels que :

-Lutte anti-vectorielle et gestion des sources larvaires

-Diagnostic précis et gestion des cas (étude de la résistance au traitement

-Réponse épidémique

-Renforcement du système de Santé pour le suivi et l’évaluation

Les groupes de populations vulnérables priorisés dans le cadre de la subvention du Fonds Mondial sont :

-Les personnes vivant dans les zones les plus touchées

-Réfugiés, migrants

-enfants et femmes enceintes

Une des clés du problème du Paludisme à Djibouti est le diagnostic de certitude difficile à réaliser en raison des mutations du parasite qui a conduit à une large proportion de non détection de cas. *

L’absence également d’outils moléculaire (de séquençage ou de PCR de confirmation) ne permettait pas non plus un meilleur suivi de la situation épidémiologique ni de surveillance de l’évolution de la résistance. L’acquisition d’appareils pour la PCR contre la COVID19 permet d’envisager d’utiliser cette technologie pour le paludisme aussi.

Dans cette optique d’amélioration des capacités techniques du pays, inclut dans le grant NFM3 (Jan2021-Dec2023), un appareil à séquencer a été acquis et permettra dorénavant la réalisation, en collaboration avec des équipes françaises expertes de l’épidémiologie moléculaire des parasites et des vecteurs du paludisme, d’études d’efficacité thérapeutique des médicaments de première ligne contre le paludisme ainsi que la résistance des vecteurs aux insecticides.

Cette demande s’insère dans une volonté régionale, recommandée par l’OMS, d’harmonisation des protocoles et des plateaux techniques afin de proposer une riposte commune régionale face à la recrudescence des cas de paludisme urbains très potentiellement liée à la présence de nouveaux vecteurs de la maladie en provenance du continent asiatique associé à des parasites de moins en moins sensibles aux traitements de première ligne.

Le PNLP Djibouti a rejoint des initiatives régionales et internationales de contrôle de l’épidémie en ciblant une intervention sur le volet parasitologique mais aussi entomologique. Sur le plan entomologique, en effet, des experts de santé publique et entomologie du Centre d’Epidémiologie et Santé Publique des Armées de Marseille avec le PNLP et l’INSPD, mènent des activités de surveillance et d’analyses des dynamiques de la faune anophélienne. Le PNLP a également rejoint une initiative scientifique dénommée CEASE initiée par la Liverpool School of Tropical Medecine, le PNLP d’Ethiopie et le PNLP du Soudan afin d’identifier toutes les mesures possibles pour mettre un frein à l’invasion et plus tard éliminer Anopheles stephensi de notre région. Pour le PNLP cela a été l’occasion d’initier une collaboration formelle avec 2 instituts de formation et de recherche de la région l’Armaeur Hensen Research Institute et celui de Jimma University. Ces collaboration seront également l’occasion d’échanger des savoirs faire en biologie moléculaire et un renforcement globale de capacité en Entomologie et épidémiologie. Ce sera également pour la première fois malgré les nombreux rappels de l’OMS /EMRO que le rapport Insecticide Resistance Monitoring sera produit aux normes avec les annexes contenant le reporting des marqueurs moléculaires de résistance aux principales classes d’insecticide.
Sur le plan parasitaire, la collaboration du PNLP avec l’IHU Méditerranée infection existe scientifiquement à travers deux thèses en cours, sur la diversité génétique, la résistance au traitement et les délétions HRP2/3, dirigées par des experts qui ont une très grande connaissance du terrain Djiboutien. Ces travaux de génotypage constituent la première priorité du PNLP quant à la réalisation pour la première fois dans l’histoire du pays, du test d’efficacité thérapeutique, conformément aux recommandations du TRP du Fonds Mondial, au vu de la situation d’augmentation du nombre de cas malgré la politique du 100% testés 100% des positifs traités (faisant penser à une non diminution du réservoir donc une potentielle diminution de l’efficacité thérapeutique de la première ligne).
Profil souhaité

A. Qualifications et compétences :

- Titulaire d’un diplôme universitaire (2nd cycle) en Biologie moléculaire

- Compétence dans le secteur du paludisme

- Excellentes qualités /capacités :

· de communication

· de transmission des savoirs

· d’analyse et résolution des problèmes

· de prise de décision et d’initiative

- Excellente maitrise du français (écrit / oral)

B. Expérience professionnelle générale

- Expérience professionnelle d’au moins 5 ans dans un/des laboratoires de santé publique

- Expérience professionnelle en santé publique dans un/ des pays en voie de développement vivement souhaitée

- Expérience(s) d’actions d’intégration du genre dans des missions et ou projets précédents

- Expérience en formation de technicien de laboratoire de référence vivement souhaitée

C. Expérience professionnelle spécifique

- Expérience dans la conduite de la mesure d’efficacité thérapeutique telle que requise par l’OMS.

- Maîtrise du séquençage NGS (sur système MiSeq) exigée.
Informations complémentaires

L’expert.e intéressé.e par la mission est invité.e à transmettre une offre complète composée de :

Une offre technique comprenant :
Le CV de l’expert.e / chaque expert.e ;
Une description du parcours et des expériences du/des expert.e.s en lien avec les présents termes de référence ;
Leur compréhension de la situation actuelle du PAYS en articulation avec les enjeux de la mission ;
Une présentation de la méthodologie détaillée à partir des objectifs décrits dans les présents termes de référence. Une attention particulière doit être portée sur le renforcement de capacités du bénéficiaire de la mission ;
Un calendrier de travail détaillé (activités, dates, lieu, nombre de jours) à partir des grandes étapes précisées dans les présents termes de référence.

Une offre financière en Euros.

Critères de sélection des candidatures

Le processus de sélection des candidats s'opérera selon le(s) critère(s) suivant(s) :

Formation/compétences/expériences du candidat
Compréhension par le candidat des enjeux du projet de coopération